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雲端服務相關的技術革新速度快，若取得先進技術know-how進度落後，或競爭對手推出更優質的服務，可能導致競爭力、服務品質及業界地位下降。此外，會計、稅務、人事勞務等領域的法規變動，亦可能造成服務需重大修改或延期上市。作為應對措施，本公司持續推動工程師的招募與培育，以及打造具創造性的開發環境，但同時伴隨系統投資與人事費增加等額外風險。

除了與雲端會計、人事勞務服務業者及傳統軟體供應商的競爭外，隨著雲端相關市場快速擴大，新進入者增加亦可能加劇競爭。若競爭對手競爭力提升或新業者加入市場，導致本集團服務的優勢、評價及信賴度無法維持，可能對事業及業績造成影響。本集團透過運用獨有的開發know-how提供服務，並實施策略性的新客戶開發措施加以應對。

對於採用訂閱制經常性收入（recurring）模式的本集團而言，維持既有客戶續約率及提升客單價是成長的根本。若服務吸引力下降或客戶流失至競爭對手，續約率可能大幅低於預期。此外，若客戶企業事業成長停滯，或中型規模客戶開發不順，亦可能無法實現ARPU成長及透過upsell、cross-sell提升客單價。上述因素若同時發生，預期將對業績造成重大影響。

本集團採用研發費用、廣告宣傳費先行投資的商業模式，儘管於2025年6月期已實現轉虧為盈，今後仍將持續進行先行投資。若經營環境急遽變化，或其他風險發生，導致先行投資未能達到預期成果，調整後營業利益率及調整後自由現金流利潤率的改善預期可能無法達成，進而影響業績。本公司將LTV/CAC及Net Revenue Retention Rate列為重要指標，致力提升營運效率。

本集團將進軍金融科技領域等新事業，以及進行併購作為成長策略之一，然而新領域獲利不如預期，以及須遵循新法規的風險依然存在。在併購過程中，由於實地審查（due diligence）存在局限性，可能產生新的法律或事業風險因素；若未能獲得預期的協同效應或投資回報，可能導致所持有之投資有價證券或商譽等發生減損損失，進而影響業績。針對資本合作及併購的實施，本公司秉持充分評估協同效應與風險之方針，以降低相關風險。

本集團處理眾多客戶企業的機密資訊及個人資訊，若發生資訊洩漏，可能導致遭受行政指導、行政處分、損害賠償請求，以及社會信譽受損等風險。本公司已取得SOC1 Type2報告書、PCI-DSS認證、TRUSTe認證，並設置資訊安全專責團隊，採行多層次應對措施，然而即便採取這些措施，仍難以完全排除外部洩漏的風險。此外，若資訊資產相關法規趨於嚴格，亦可能導致服務暫停或資訊運用受到限制。

本公司已登記為電子支付代理業者（關東財務局長（電代）第1號）及金融服務仲介業者（關東財務局長（金仲）第17號），子公司freee創業融資支援股份有限公司則登記為放款業者（有效期限：2028年2月27日）。若因違反與上述登記相關的法令，遭受業務改善命令或登記取消等行政處分，可能對事業持續造成重大障礙。社會情勢變化導致法規趨嚴，亦被視為妨礙事業發展的風險因素，本公司透過建立內部管理體制以完善法令遵循機制。

本集團的服務建構於AWS之上，AWS的穩定運作為事業營運上的重要事項。若因系統錯誤、自然災害、網路攻擊或與AWS解除契約等原因導致服務停止，可能透過對客戶造成損害、產生額外費用負擔、損害品牌形象等途徑，對事業及業績造成影響。本公司透過全天候監控體制及運用多個可用區（Availability Zone），並符合FISC安全對策基準以確保安全性，然而因非預期事件所產生的風險仍然存在。

本集團的服務將與金融機構之帳戶同步（帳戶聚合）、與其他公司軟體的API資料連結，以及與會計師事務所、金融機構的協作，作為重要功能及客戶開發渠道加以運用。若電子支付代理業務之許可遭取消、無法維持與金融機構之契約，或因與合作對象關係惡化而終止合作，可能導致服務功能下降及客戶開發能力減弱。本公司透過多元化合作對象及提升客戶基礎與服務功能，致力降低對特定合作對象的依賴。

於2025年6月期期末，本集團存在稅務上的累積虧損（遞延所得稅損失），若業績持續順利發展致使該累積虧損消化完畢，將依一般稅率計提法人稅、住民稅及事業稅，可能對現金流造成影響。在轉虧為盈後的成長階段，實質稅負顯現的時點，為投資人應密切關注的財務變化點。目前因運用累積虧損，稅負仍受到抑制。